基于重测序的陆地棉InDel标记开发与评价

• 作者: 吴迷 汪念 沈超 黄聪 温天旺 林忠旭
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 陆地棉 InDel 标记 遗传多样性 群体结构 关联分析
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 196-203
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2019.84100

摘要

碱基插入/缺失(InDel)是基因组中丰富的遗传变异形式。InDel以其密度高、易于基因型分型等优点成为分子标记开发的理想来源。本研究利用262份陆地棉品系重测序数据鉴定的InDel位点，在全基因组范围内设计了3206个InDel标记并挑选均匀分布的320个标记进行验证。320个标记筛选出87个多态性标记，多态性率为26.88%。利用多态性标记对不同地理来源的262份陆地棉种质资源进行基因分型，共检测到160个等位位点;多态性信息含量(PIC)为0.0836~0.3750，平均值为0.3073;基因多样性指数变异范围为0.0874~0.5000，平均值为0.3876，表明我国陆地棉遗传基础相对狭窄。群体结构分析将262份陆地棉品系大致划分为2个亚群，聚类分析和主成分分析的结果与之基本一致。采用混合线性模型(Mixedlinearmodel)对6个纤维品质性状的关联分析检测到65个关联位点(P<0.01)，各位点对表型变异贡献率为2.57%~8.12%。本研究旨在利用重测序数据开发全基因组范围的可用于凝胶检测的InDel标记，为棉花种质资源研究和分子标记辅助选择育种提供便捷工具。