基于数据挖掘分析HOXA3在急性髓系白血病中的表达及意义

• 作者: 张媛 吴隼 郭燕 王莉华 刘宪凯 黄琰
• 来源期刊: 河南大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 急性髓系白血病 HOXA3 Oncomine数据库 String-DB数据库 TCGA数据库
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 基础与临床
• 页码范围: 33-37
• 页数: 5页
• 分类号: R733.71
• 语种: 中文

摘要

〔目的〕基于Oncomine等生物信息数据挖掘阐述HOXA3基因在急性髓系白血病中的表达及临床意义.〔方法〕检索Oncomine、String-DB、DAVID、TCGA等数据库,分析HOXA3在不同肿瘤中的表达情况,及其在AML中的差异表达和预后的关系,并分析与HOXA3相互作用的蛋白.〔结果〕在Oncomine数据库中,共收集了343项有关HOXA3在各种肿瘤和健康人之间的对比研究,其中HOXA3表达差异有统计学意义的结果共有28项,白血病中高表达的研究有3项.通过检索,共有4项研究涉及HOXA3在AML患者中的表达.综合比较4项结果,发现与对照组相比,HOXA3在AML患者中的表达量高于正常人(P=0.013).利用R筛选出与HOXA3存在共表达关系的基因,并通过DAVID在线工具分析相关的GO注释和KEGG通路,结果显示:HOXA3与细胞的凋亡、白细胞迁移、造血发生、肿瘤、代谢等相关.此外,在String-DB数据库中寻找与HOXA3相互作用的蛋白,发现HOXA3与CTCF、PBX1、HOXB1、MAFB、KDM6A、KMT2C等蛋白关系密切.进一步挖掘TCGA数据库中的LAML数据,利用R的Survival包进行生存分析,发现高表达HOXA3的AML患者生存期明显低于低表达者(P<0.05),即高表达者预后更差.〔结论〕HOXA3在AML患者中呈现高表达,并与其预后相关,提示HOXA3有望成为AML诊断及药物治疗的新靶点.