RNA G-四联体结构区的同义密码子进化选择

• 作者: 许育铭 齐婷 顾万君 陆祖宏
• 来源期刊: 东南大学学报（英文版）
• 关键词: RNA结构 G-四联体 同义密码子 进化 选择
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 页码范围: 177-183
• 页数: 7页
• 分类号: Q311
• 语种: 英文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-7985.2021.02.007

摘要

为探索同义密码子对RNA G-四联体(rG4)形成的适应效应,利用G4 Hunter算法搜寻5类真核生物mRNA蛋白编码区的rG4结构.通过对比天然序列和随机序列,评估rG4结构对同义密码子的选择偏好,分析影响rG4形成的因素,检验基因特定区域rG4结构的选择压力,以揭示rG4在基因调控中的潜在作用.结果 表明,在5类真核生物中,rG4结构区内的同义密码子普遍受到促使rG4形成的选择压力.在rG4结构区内的蛋白编码序列倾向于使用富含鸟嘌呤的密码子组合,不倾向于选择富含胞嘧啶的密码子组合.密码子使用偏好、碱基成分以及进化速率等因素和rG4对同义密码子的选择压力具有相关性.基因翻译起始区的序列受到更强的促使rG4结构形成的选择压力.