多组学大数据整合分析揭示早期胚胎发育过程中基因表达调控信息的变化规律

• 作者: 江琦 汤小晗 陶欢 王军婷 白雪梅 李昊 卢美松
• 来源期刊: 现代生物医学进展
• 关键词: 多组学整合分析 早期胚胎发育 转录因子 表观遗传修饰 基因表达调控
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 基础研究|BASIC RESEARCH
• 页码范围: 2241-2244
• 页数: 4页
• 分类号: R-33|Q132.7|Q344
• 语种: 中文
• DOI: 10.13241/j.cnki.pmb.2021.12.009

摘要

目的:探究哺乳动物早期胚胎发育过程中基因表达调控信息的变化规律.方法:收集小鼠早期胚胎发育各时期的RNA-seq,ATAC-seq,MethylC-Seq和H3K4me3 ChIP-seq数据进行整合分析,观察小鼠早期胚胎发育各时期转录因子表达量的变化,计算各时期基因表达量与转录因子结合位点数量及染色质可及性的相关性,筛选各时期表达量前10％的基因,统计其表达量和转录因子占比,并进行启动子可及性分析.根据前期报道的转录因子三节点调控网络,对早期胚胎各时期转录因子调控网络的富集模式进行分析.根据多组学数据分析结果,推测早期胚胎发育调控过程中转录因子和表观遗传修饰信息的共调控模型.结果:转录因子数量和调控关系变化以及染色质可及性、DNA甲基化修饰、组蛋白修饰等表观遗传修饰共同调控早期胚胎发育各时期的基因表达,这些因素在不同时期发挥不同程度的调控作用.结论:转录因子和表观遗传修饰在早期胚胎发育过程中动态调控基因表达.