纳米孔三代测序在HIV/AIDS合并肺部感染者快速病原学鉴定的应用价值探讨

• 作者: 邓浩辉 刘惠媛 高洪波 陈伟烈
• 来源期刊: 转化医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 测序技术 获得性免疫缺陷综合征 肺部感染
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 45-47,56
• 页数: 4页
• 分类号: R572.91|R563
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-3097.2021.01.009

摘要

目的 通过对人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(Human Immunodeficiency Virus/Ac-quired Immunedeficiency Syndrome,HIV/AIDS)合并肺部感染者纤维支气管镜肺泡灌洗液样本进行研究,探讨纳米孔三代测序(Oxford Nanopore Technologies)对样本快速病原学鉴定的准确性.方法 本研究共纳入2例HIV/AIDS合并肺部感染并留取肺泡灌洗液样本的患者,使用纳米孔三代测序对样本DNA进行测序,提取不同时间点的测序数据进行生物信息学分析,并与常规病原体检查和二代测序(Illumina)等方法进行比较,评价纳米孔三代测序对样本快速病原学鉴定的准确性.结果 本研究纳入的患者A常规病原学检查和二代测序的结果均提示铜绿假单胞菌感染,纳米孔三代测序仅需1h测序数据即发现样本中存在铜绿假单胞菌的基因序列;患者B常规病原学检查和二代测序的结果均提示肺炎克雷伯杆菌,屎肠球菌和结核分枝杆菌混合感染,纳米孔三代测序1 h的测序结果即可检测出肺炎克雷伯杆菌和屎肠球菌的基因序列,6 h的测序结果即可检测出结核分枝杆菌的序列.因此,加上对肺泡灌洗液样本处理、DNA文库构建和生物信息学分析的耗时(合计约2 h),仅需8 h左右即可检测出上述样本的致病微生物.结论 纳米孔三代宏基因组测序可对HIV/AIDS合并肺部感染者进行快速病原微生物鉴定,其准确性与常规病原学检查和Illumina二代测序的结果一致.