microRNA155在动脉粥样硬化发生过程中的网络调控机制

• 作者: 刘田利 杜芬
• 来源期刊: 生物资源
• 关键词: 动脉粥样硬化 生物信息学分析 miR-155 网络调控 炎症
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 178-187
• 页数: 10页
• 分类号: R34
• 语种: 中文
• DOI: 10.14188/j.ajsh.2021.02.011

摘要

动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)是一种慢性进行性的血管炎症性疾病,其发病机制主要包括内皮细胞损伤,脂质浸润及炎症介质分泌等.microRNA155(miR-155)是参与AS炎性调控、免疫和自噬信号等通路的微小非编码RNA.系统性研究miR-155及其靶基因的网络调控机制,能全面理解miR-155在AS中的作用,促进其在临床诊断中的应用开发.利用miRNA靶基因预测数据库miRDB、miRmap和Starbase获取miR-155的靶基因集.R语言分析基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)共享平台动脉粥样硬化斑块差异表达基因(GSE24702),筛选出18076个差异表达基因.利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)分析,观察这些差异表达基因共同富集在IL6-JAK-STAT3信号通路、炎症反应和TNFα等炎症信号通路.与miR-155靶基因交叉匹配得到371个交集mRNA,其中159个在动脉粥样硬化斑块中上调,212个在动脉粥样硬化斑块中下调.基因本体(gene ontology,GO)及基因组数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析研究基因功能,GO富集分析371个差异基因主要富集炎症和凋亡信号通路的负调控等功能,KEGG分析371个差异基因主要富集TGFβ等炎症信号通路.蛋白相互作用网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析获得关键节点基因是ARRB2、FBXO11、SOCS1、FBXO22、FBXO30、KRAS、RNF19A、TRIM32、HERC4、PJA1、RCHY1和DET1.本研究表明,miR-155主要通过调控炎症反应等相关信号通路影响斑块细胞炎症、自噬及凋亡等功能,进而影响动脉粥样硬化的各个进程.