异喹啉类生物碱和G-四链体结合的分子动力学研究

• 作者: 张博 何依然 刘迎春 王琦
• 来源期刊: 化工学报
• 关键词: 分子模拟 G-四链体 异喹啉类生物碱 结合机理 抗癌药物设计 脱氧核糖核酸 计算化学
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 生物化学工程与技术
• 页码范围: 344-353
• 页数: 9页
• 分类号: O641.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.11949/0438-1157.20191265

摘要

G-四链体是核酸的一种非经典二级结构，主要出现于富含鸟嘌呤（G）碱基的DNA或RNA序列。生物体内的G-四链体主要形成于端粒区域和某些原癌基因的启动子区域，是生物医学研究的重要对象。以G-四链体作为靶点的抗癌策略虽被多次提出，但目前还未有成功进入临床试验的案例。因此，有关原癌基因启动子区域的G-四链体与配体结合的研究，可以对靶向抗癌药物的设计提供指导性建议。使用分子动力学模拟的方法，研究了不同的异喹啉类生物碱与G-四链体的结合机理。通过考察四种异喹啉配体与G-四链体结合的过程，得到了异喹啉配体与G-四链体稳定结合的构象以及结合的主导因素。此工作从原子分子层面深化了对异喹啉类生物碱和G-四链体结合机理的微观认识，对抗癌药物设计具有指导意义。