巨菌草幼叶及根转录组功能基因测序及分析

• 作者: 周晶 陈思齐 史文娇 阳伏林 林辉 林占熺
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 巨菌草 转录组 差异表达基因 转录因子
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 143-155
• 页数: 13页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11686/cyxb2020326

摘要

巨菌草生物量巨大,根系发达,是一种理想的水土保持、防风固沙禾本科C4植物.为了探讨巨菌草转录组信息,对其幼叶、根样本进行Illumina高通量测序和差异表达基因分析.经组装拼接共获得210806个转录本(tran?scripts)和150336条单基因簇(unigene),平均长度分别为760和642 bp.将获得的unigene与通用公共数据库进行比对,共有88765条unigene获得了基因注释.通过将巨菌草幼叶与根进行比较,共鉴定到5735个差异表达基因(DEGs),其中上调3435个,下调2300个.对DEGs做GO功能分析,上调DEGs主要集中在电子传递,碳水化合物代谢,金属离子结合等过程,下调DEGs则与代谢过程,催化活性,小分子代谢过程等相关.KEGG pathway富集分析共得到120条代谢通路,其中参与光合生物的固碳作用通路DEGs富集程度最高;参与次生代谢物的生物合成通路的DEGs数目最多.对DEGs转录因子分析显示,bHLH和WRKY是调控叶、根差异表达的主要转录因子.研究结果极大地丰富了巨菌草转录组信息,为今后巨菌草分子生物学研究提供了宝贵的数据资源,同时为巨菌草品种改良提供了理论依据.