基于全基因组序列的黄单胞菌分泌蛋白质预测及其特征分析

• 作者: 覃悦 祝友朋 韩长志
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 关键词: 黄单胞菌 全基因组 信号肽 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 植物保护|PLANT PROTECTION
• 页码范围: 53-59
• 页数: 7页
• 分类号: S435.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2021.01.007

摘要

黄单胞菌(Xanthomonas campestris)作为诸多革兰氏阴性细菌之一,主要危害十字花科农作物和核桃、杧果等经济林植物.前人对植物病原细菌、真菌等的分泌蛋白和相关蛋白质开展了预测及分析研究,明确其分泌蛋白在致病过程中具有非常重要的作用.本研究以已经公布全基因组序列的黄单胞菌X.campestris B100、X.campestris pv.campestris str.8004、X.campestris CN14中的蛋白质序列为基础,结合细菌中分泌蛋白的基本特征,采用在线分析程序(包括SignalP v5.0、ProtComp v9.0等)对上述3个黄单胞菌的分泌蛋白序列进行预测和分析,明确上述细菌中分别含有135个、128个、135个分泌蛋白,并对分泌蛋白所具有的基本特征开展分析,为深入研究黄单胞菌分泌蛋白的功能打下理论基础.