新型冠状病毒基因组序列的网络平台与基因分型

• 作者: 宋洋 许文波
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 分子流行病学 基因分型 网络分析平台
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 新型冠状病毒研究专题综述
• 页码范围: 181-190
• 页数: 10页
• 分类号: R373.1
• 语种: 中文

摘要

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起2019新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病原体,目前COVID-19仍在世界范围内大规模流行.随着学者对SARS-CoV-2研究的不断深入,以及各大数据库的序列资源共享,一些学者开发了SARS-CoV-2相关序列分析网络在线平台,并发表了对SARS-CoV-2基因分型、命名的规则."GISAID"是目前SARS-CoV-2基因组序列共享和储存最大的数据库,"Nextstrain"和"CoV-GLUE"是国际最常用的SARS-CoV-2序列分析平台.目前有四种比较通用的SARS-CoV-2的基因分型方法,在本文中分别简称为:"中国分型法"、"Pangolin分型法"、"GISAID分型法"和"Nextstrain分型法".这四种分型方法的定义不尽相同,但又有相似之处.本综述对目前SARS-CoV-2在线分析网络平台和不同的基因分型方法进行了较为系统的介绍、对比和总结.