凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析

• 作者: 于洋 代平 刘均辉 刘峻宇 孔杰 孟宪红 曹宝祥 栾生 罗坤 陈宝龙 高焕
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 家系 SNP标记 遗传多样性 聚类分析 亲子鉴定
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 108-116
• 页数: 9页
• 分类号: S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20191022001

摘要

本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径.结果 显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25＜PIC＜0.5).对家系进行遗传距离计算和聚类分析,半同胞家系F11和F17间的遗传距离最小(0.04),最先聚在一起.亲子鉴定结果表明,在双亲性别已知情况下,亲子间的累积排除率(CPE)为99.99％,子代的实际鉴定率为77.27％.研究表明,在凡纳滨对虾性状测试和系谱追踪过程中,利用高质量的SNP标记代替物理标记来识别家系是一种准确可行的方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高焕	中国科学院海洋研究所	9	245	7.0	9.0
2	于洋	中国科学院海洋研究所	130	1477	22.0	31.0
3	孟宪红	中国科学院海洋研究所	18	301	11.0	17.0
4	孔杰	中国科学院海洋研究所	3	29	2.0	3.0
5	刘峻宇	中国科学院海洋研究所	1	0	0.0	0.0
6	刘均辉	中国科学院海洋研究所	1	0	0.0	0.0
7	代平	中国科学院海洋研究所	1	0	0.0	0.0
8	罗坤	中国科学院海洋研究所	2	1	1.0	1.0
9	曹宝祥	中国科学院海洋研究所	1	0	0.0	0.0
10	陈宝龙	中国科学院海洋研究所	2	0	0.0	0.0
11	栾生	中国科学院海洋研究所	1	0	0.0	0.0