不同的生态区的气候、土壤微生物分布都具有差异,因此会用产地来标志药材的质量.对药用银杏种植土壤的微生物空间分布格局的认识,将有助于人们对药用银杏的道地性做出判断,同时也为应对土壤病害等方面提供理论依据,能有效的指导种植.文章以都江堰、平邑、崇明三个不同的药用银杏种植产地采收期(7月)的银杏根际土壤为研究对象,采用16S r DNA、18S r DNA高通量测序方法分析他们土壤细菌和真菌的多样性以及群落组成结构,并对该时期土壤微生物多样性以及其土壤理化结果进行相关性分析.结果 表明,三个产地的银杏根际土壤中的真菌和细菌在丰富度和多样性上都大致呈现都江堰>平邑>崇明;在群落结构上,三个产地的优势菌群较为相似,但是具体的群落结构有差异,都江堰与平邑的土壤真菌群落结构较为接近,都江堰与崇明的土壤细菌群落结构较为相似;在门水平上,三产地的优势真菌菌群为:子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomyco-ta)、毛霉亚门(Mucoromycota);优势细菌菌群为:变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi);平邑的土壤细菌菌群受土壤理化因子的影响与其他两个产地区别较大,而土壤真菌受土壤理化因子的影响就较为接近.研究结果为不同银杏种植产地土壤根际微生物的群落分布提供了研究资料,加深对药材道地性的产生和维持机制的理解,从而深入挖掘种植土壤中未知的生物资源.