基于RNA-seq的香蕉枯萎病菌转录因子FoSwi6敲除突变体的转录组分析

• 作者: 丁兆建 漆艳香 曾凡云 朱为菊 李立姐 彭军 谢艺贤 张欣
• 来源期刊: 植物病理学报
• 关键词: Fusarium oxysporum f.sp.cubense race 4 MAPK 转录组 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 细胞生物学、生理学、生物化学、分子生物学|CELL BIOLOGY,PHYSIOLOGY,BIOCHEMISTRY,AND MOLECULAR BIOLOGY
• 页码范围: 200-209
• 页数: 10页
• 分类号: S432.44
• 语种: 中文
• DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000516

摘要

丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)信号通路转录因子FoSwi6在调控香蕉枯萎病菌4号生理小种(Fusarium oxysporumf.sp.cubense race 4,Foc4)的生理特性和致病性方面发挥着重要作用.为解析转录因子FoSwi6的转录调控机制,本研究利用RNA-seq技术对该病菌野生型菌株和突变体△FoSwi6的转录组进行了比较分析,结果表明差异表达基因共有5 728个,其中上调表达基因有2 682个,下调表达基因有3 046个.Gene Ontology功能分析表明,差异表达基因主要富集在生物学过程(biological process)中的代谢过程(metabolic process)、细胞过程(cellular process)和单细胞过程(single-organism process),分子功能(molecular function)组分中的催化活性(catalytic activity)和结合(binding)区域.KEGG显著性富集分析表明,差异表达基因主要富集在核糖体、乙醛酸和二羧酸代谢、氨基酸合成和2-氧代环戊烷羧酸甲酯代谢通路.差异表达基因的in silico分析,揭示其中12个基因可能参与调控Foc4的产孢、生长发育、氧化应激反应、细胞壁合成、甾醇合成、氮素吸收、毒素合成和致病性.该研究为阐明香蕉枯萎病菌的致病机理奠定了理论基础.