弓形虫急性感染小鼠肺组织的转录组分析

• 作者: 曹纹侨 李锴 喻云 谭青青 陆合 张静
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 关键词: 刚地弓形虫 肺 关键驱动基因 RNA-seq q-PCR
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Articles
• 页码范围: 203-211
• 页数: 9页
• 分类号: R382.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2021.00.027

摘要

目的 本研究旨在了解弓形虫感染小鼠肺组织转录组的变化.方法 取感染和未感染弓形虫的小鼠肺组织提取总RNA并制备cDNA文库,采用BGISEQ-500测序平台对文库进行高通量转录组测序.从测序结果中筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并随机筛选 10个差异表达基因利用实时荧光定量 PCR(quantitative real time PCR,q-PCR)对其表达量进行验证.对总的差异表达基因进行Gene Ontology(GO)富集分析、Kyoto Encyclopedia of Genes and Ge-nomes(KEGG)富集分析和关键驱动基因(Key driver gene analysis,KDA)分析.结果 总共筛选到286个差异表达基因,其中上调基因234个,下调基因52个.随机筛选的10个差异表达基因的q-PCR结果与测序结果的变化趋势一致,说明转录组测序结果可靠.GO分析结果显示差异表达基因主要与免疫和细胞因子相关.KEGG富集分析结果显示与细胞因子相关的通路:细胞因子与细胞因子受体互作和趋化因子信号通路被显著富集,分别为Top1和Top4.对两条通路中显著富集的24个差异表达基因进行KDA分析,共筛选到10个关键驱动基因:Tnf、Cxcl10、Il10、Ccl2、Ifng、Cxcl9、Cxcr2、Ccr5、Ccl4和Ccl7.结论 在弓形虫感染小鼠的肺组织中,Tnf、Cxcl10、Il10、Ccl2、Ifng、Cxcl9、Cxcr2、Ccr5、Ccl4、Ccl7可能发挥了重要作用.