碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌ST11菌株的基因组学特点分析

• 作者: 曹小利 程莉 周万青 张之烽 张葵 沈瀚
• 来源期刊: 临床检验杂志
• 关键词: 肺炎克雷伯菌 ST11 全基因组测序 荚膜多糖 进化树 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 临床实验研究
• 页码范围: 99-104
• 页数: 6页
• 分类号: R446.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13602/j.cnki.jcls.2021.02.05

摘要

目的 分析碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)ST11菌株的基因组学特点.方法 挑取南京地区流行的3株CRKP-ST11菌株,提取基因组DNA,进行全基因组学测序,获得拼接后的全基因组.同时,从NCBI数据库中下载HS11286(中国上海)、JM45(中国杭州)、ATCC BAA-2146(美国/印度)的基因组为对照菌株,进行基因组GC碱基含量、单核苷酸多态性、亲缘关系及荚膜多糖(CPS)基因簇结构分析.结果 CPS基因簇的G+C含量大多<50％,不同于染色体其他部分,是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点;进化树分析显示南京地区分离的3株CRKP-ST11菌株与上海、杭州的CRKP-ST11亲缘关系相近,与美国/印度的CRKP-ST11较远.这3株CRKP-ST11的CPS基因簇一致,与杭州、上海及美国/印度的3株CRKP-ST11菌株的差异主要在CPS可变区.结论 CPS是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点,可能是CRKP-ST11菌株的主要进化区,CRKP-ST11的流行可能与CPS基因簇可变区有关,具有地域特点.