基于基因组序列的副溶血弧菌两种分型方法比较研究

• 作者: 张景山 赵文轩 陈美玲 杜小莉 赵林 王紫鉴 肖文静 张巍巍 赵宏群 李杰 刁保卫 阚飙 逄波
• 来源期刊: 疾病监测
• 关键词: 副溶血弧菌 多位点串联重复序列分析 数目可变串联重复序列 单核苷酸多态性 全基因组测序 分型方法
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 传染病监测|Infectious Disease Surveillance
• 页码范围: 457-461
• 页数: 5页
• 分类号: R211|R378
• 语种: 中文
• DOI: 10.3784/jbjc.202011050373

摘要

目的 比较基于全基因组测序(WGS)SNP的分型方案和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方案用于我国副溶血弧菌分子分型的能力,并分析两种方法的优缺点及适用情况.方法 选取我国分离的56株副溶血弧菌,使用6个数目可变串联重复序列(VNTR)位点的MLVA方案和基于全基因组序列SNP的方案对这些菌株进行分子分型分析,通过量化指标评价这两种方法对我国分离的副溶血弧菌的分型能力.结果56株副溶血弧菌经MLVA分型,获得31种MLVA型,D值为0.949.对56株副溶血弧菌进行全基因组测序,获得33个差异明显的基因型,D值为0.967.两种分型方法对菌株的分辨能力十分接近,分型结果高度一致.结论 6位点的MLVA分型方案与基于全基因组测序SNP的分型方案具有相似的分型能力,其分型能力稍弱.