基于RNA结合蛋白构建膀胱癌预后模型及验证

• 作者: 储昭阳 朱向明 鲁柯兵 龚儒杰 马平川 徐凯慧
• 来源期刊: 沈阳医学院学报
• 关键词: 膀胱癌 RNA结合蛋白 总体生存率 预后模型 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 基础医学与临床医学研究|Basic and Clinical Study
• 页码范围: 115-121
• 页数: 7页
• 分类号: R737.14|Q786|Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.16753/j.cnki.1008-2344.2021.02.005

摘要

目的:探讨基于RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)构建膀胱癌预后模型并验证其准确性.方法:从癌症基因组图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载膀胱癌的RNA测序数据,并测定正常组织和肿瘤组织中不同表达的RBPs.通过一系列生物信息学分析系统地研究这些RBPs的表达和预后价值.结果:共鉴定109个不同表达的RBPs,其中52个表达上调,57个表达下调.5个RBPs(APOBEC3H、TRIM71、PABPC3、DARS2、MTG1)被鉴定为与膀胱癌预后相关,并用于构建预后模型.基于模型进一步分析发现,高风险亚组患者总生存期较低风险亚组患者低.train组、test组预后模型的ROC曲线下的面积分别为0.701、0.664,证实是一个良好的预后模型.并建立了基于5个RBPs mRNA和内部验证的列线图.结论:基于RBPs构建的预后模型显示出良好的膀胱癌预后鉴别能力.