大豆PPR基因家族生物信息学分析

• 作者: 彭诗巧 卢梦丹 杨梦琦 李佳雯 岳岩磊
• 来源期刊: 大豆科学
• 关键词: 大豆 PPR基因家族 生物信息学分析 进化 系统发育 组织特异性表达
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学|Genetic & Breeding·Molecular Biology
• 页码范围: 177-185
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2021.02.0177

摘要

为明确大豆PPR基因家族在染色体上的分布、保守结构域、亚族种类、进化关系及表达特征等,采用生物信息学方法,基于Pfam的PPR种子序列模型筛选大豆基因组数据库,获得631个大豆PPR家族基因;利用MEME、ExPASy、TBtools、FigTree等工具对大豆PPR家族基因进行分类,分析各亚族的进化关系和保守结构域差异;筛选各亚族的代表基因,并进一步分析各亚族基因的保守率、等电点、UTR、CDS及基因表达特异性.结果表明:大豆PPR基因家族分为DYW、P、PLS、E/E+亚族以及1个未知亚族,其中DYW亚族为第一大亚族,占总基因数目的57.2％;各亚族基因在染色体上的分布是不均匀的,其内含子数目差异也较大,DYW亚族基因的内含子数目较少,但DYW亚族结构域种类最多,具有在C端出现特有的Motif7和Motif4的显著特征;但大豆PPR家族的各亚族基因表达特异性比较相似,均表现为叶片中高表达,花、根和茎中低表达;而且各亚族中都有大量成员缺失UTR;Glyma.19G095500、Glyma.11G086900、Glyma.02G175900和Glyma.01G158100这4个基因具有独特的Motif8保守结构域,为新的亚族.