恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒稳定复制细胞系的转录组学分析

• 作者: 张孝璐 杨兰 孙岩松 徐东平 李晓峰 刘妍 李浩
• 来源期刊: 解放军医学杂志
• 关键词: 乙型肝炎病毒 DNA修复 计算生物学 转录组测序 恩替卡韦 HepG2.A64细胞系
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究|Basic Research
• 页码范围: 448-455
• 页数: 8页
• 分类号: R373
• 语种: 中文
• DOI: 10.11855/j.issn.0577-7402.2021.05.04

摘要

目的 分析恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒(ETV-r HBV)稳定转染前后宿主细胞转录组水平的基因差异表达,为后续开展HBV感染相关机制研究提供基础数据和参考.方法 对ETV-r HBV稳定转染细胞株(HepG2.A64)及其原始背景细胞株(HepG2)进行转录组测序(n=3),利用DESeq2软件以|log2 Fold Change|>2、padj<0.05为差异基因筛选条件对测序结果进行差异基因筛选;利用clusterProfiler软件对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析.采用RT-qPCR及Western blotting分别检测HBV稳定转染前后宿主细胞DNA修复相关基因mRNA及蛋白的表达水平.结果 转录组测序结果显示,与HepG2细胞系相比,ETV-r HBV稳定转染的HepG2.A64细胞系共有613个基因存在差异表达,其中401个上调,212个下调(padj<0.05),GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与炎症反应、PI3K/Akt信号通路、PPAR信号通路、NF-κB信号通路以及免疫相关的生物学过程.RT-qPCR及Western blotting检测结果显示,与HepG2细胞系相比,HepG2.A64细胞系中RAD52和XRCC2 mRNA表达量分别下降68.96％±7.59％、69.58％±6.32％,RAD52和XRCC2蛋白表达量分别下降69.93％±3.88％、26.47％±12.7％,差异均有统计学意义(P<0.05).结论 与原始细胞系HepG2相比,ETV-r HBV稳定转染的HepG2.A64细胞系在转录水平出现大量差异表达基因,同时HepG2.A64细胞系中DNA修复相关基因表达量出现下调.