胰腺癌血浆循环游离DNA甲基化预测模型的构建及应用

• 作者: 陈旻 黄一鸣 赵晖 康亚妮
• 来源期刊: 肿瘤
• 关键词: 胰腺癌 游离DNA 甲基化 早期诊断 预后
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 所属期刊栏目: 原创研究|Original Research
• 页码范围: 541-549
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3781/j.issn.1000-7431.2021.2105-0331

摘要

目的:通过联合分析胰腺癌血浆循环游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)与胰腺癌组织甲基化样本,构建基于这些位点的胰腺癌模型,筛选具有潜在诊断和预后预测能力的cfDNA甲基化标志物.方法:采用甲基化DNA免疫共沉淀测序(methylatied DNA immunoprecipitation sequencing,MeDIP-seq)技术获取胰腺癌患者与健康人群血浆cfDNA样本的甲基化情况,并且筛选差异甲基化区域(differential methylation regions,DMRs)(P<0.05,log|FC|>1).使用GEO数据库中的组织甲基化450K数据(GSE49149)进行差异甲基化位点(differential methylation positions,DMPs)的筛选(P<0.05,|Δβ|>0.2).筛选位于启动子区且具有与DMRs相同靶基因和变化趋势的甲基化位点作为候选位点.采用Lasso算法进一步缩减候选位点,排除血浆背景干扰后,构建基于Lasso算法的胰腺癌诊断和预后预测模型.从TCGA数据库获取胰腺癌和癌旁组织450K数据作为独立测试集,以验证模型的诊断和预后预测效能.结果:构建基于5个甲基化位点的胰腺癌模型,该模型诊断胰腺癌的敏感度为87.4％,特异度为84.6％,并且能够有效地预测胰腺癌患者的预后(P=0.002).结论:基于cfDNA甲基化的液体活检技术可以有效提高胰腺癌的诊断效能,为胰腺癌的早期诊断提供新的思路和理论依据.