粗茎秦艽种子萌发过程的转录组及关键因子分析

• 作者: 杨晓 马子豪 马婕 吕金盈 何娟 王长生 李爱暖 陈晨 曾锐
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 粗茎秦艽 种子 转录组 代谢通路 SSR标记 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 219-226
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2021.01.026

摘要

目的 研究粗茎秦艽Gentiana crasicaulis种子萌发的转录组信息及影响因子.方法 利用高通量测序技术测定粗茎秦艽种子萌发前、萌发中及萌发后3个阶段的转录组,并通过生物信息学技术进行分析.结果 共获得了149 463条Unigenes,平均长度为601.88 bp,其中79 412个Unigene获得注释.6943个基因差异表达,大部分表现为萌发后上调表达,其中5188个富集到GO条目中,1815个富集到KEGG通路中,大多参与光反应过程、细胞壁合成、脂质代谢及次生代谢中.单碱基到六碱基核苷酸的SSR重复类型均有检出,SSR发生频率为15.13％,出现频率为18.81％,平均每3199 bp就含有1个SSR位点,SSR重复类型丰富,数目较多.结论 粗茎秦艽种子萌发过程有大量调控基因参与,光照、激素为重要的调控因子,SSR专用标记的开发切实可靠,且为粗茎秦艽的次生代谢调控研究奠定了基础.