杜仲全基因组GRAS基因家族的鉴定和系统发育分析

• 作者: 张传明 张宝会 姚新转 吕立堂
• 来源期刊: 特产研究
• 关键词: 杜仲 GRAS 蛋白理化性质 保守结构域 系统进化树
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告|Research reports
• 页码范围: 65-74
• 页数: 10页
• 分类号: S567.1+9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16720/j.cnki.tcyj.2021.065

摘要

为研究杜仲中GRAS基因对杜仲生长发育及抗逆性的作用机制,本研究首先利用软件TBtools、Pfam和NCBI-CDD对杜仲GRAS基因进行了筛选和验证,随后借助ExPASy在线软件分析了杜仲GRAS蛋白的理化性质并通过软件MEGA 7.0构建了杜仲GRAS基因的系统进化树,最后使用在线软件MEME 5.2获得了杜仲GRAS基因的基因保守基序并通过Muscle程序和Jalview软件分析了杜仲GRAS蛋白的VHIID结构域特征.结果 显示,杜仲中GRAS基因家族共含有分属于13个亚族的47个成员,其蛋白长度在388～803之间,蛋白分子量在42987～ 91063.2之间,等电点在4.49～9.67之间,并且都具有典型的GRAS结构域.通过对杜仲中的GRAS基因家族成员进行全面系统地分析,发现EuGRAS基因具有基因结构上的保守性和差异性,这可能与杜仲的环境适应性有关,这为进一步开展有关杜仲环境适应性机制并将其应用于濒危植物的保护等方面的研究奠定了基础.