基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型的临床应用研究

• 作者: 蓝如束 叶婧 罗丹 覃慧芳 黄莉雯 苏华斌 罗淋尹 林玫
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 关键词: 结核分枝杆菌 McSpoligotying PCR熔解曲线技术 WGS
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Articles
• 页码范围: 285-291,338
• 页数: 8页
• 分类号: R378.91
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2021.00.045

摘要

目的 利用基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型方法(McSpoligotyping)对结核分枝杆菌分离株进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值.方法 对广西2017年结核耐药监测点收集的949株结核分枝杆菌,采用McSpoligotyping分型方法对其进行基因分型.首先,通过对其中的361株菌株的McSpoligotyping分型结果与全基因组测序(WGS)结果的一致性比较来评价McSpoligotyping分型方法.其次,对949株菌株分型数据与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spoligotype intemational type,SIT)编号,将分型结果提交到https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站进行聚类分析.结果 McSpoligotyping分型与WGS结果一致率为94.18％(340/361),在结果不一致标本中,出现不一致较多间隔序列在第5间隔.在949株菌株中新发现基因型为121株,已定义基因型为828株;其中已定义基因型共分为84种基因型,主要归属于5种基因家族(BEIJING、T、H、EAI、LAM)和3个家系(Lineage 1、Lineage 2、Lineage 4);5种基因家族主要流行为BEIJING和T基因家族,家系中主要流行为Lineage 2.949株菌株中的822株聚为49个簇(2～528株),最大一簇为Beijing家族SIT1基因型,其余的127株菌表现为独特的基因型.结论 利用PCR熔解曲线技术可快速对MTB进行基因分型,此技术较传统方法操作简便、耗时短,对结核病疫情处置及结核病分子流行病学研究具有重要意义.