荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆及生物信息学分析

• 作者: 林谷音 周佩娜 尹梦娇 刘莉成 戴仕林 刘潺潺 吴啟南
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 荆芥 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶 基因克隆 生物信息学分析 RT-PCR
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 527-537
• 页数: 11页
• 分类号: R286.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2021.02.026

摘要

目的 克隆荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase,StDXS)基因,并进行生物信息学分析.方法 根据荆芥转录组数据获得的StDXS基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术获得StDXS基因cDNA的全长序列,并进行生物信息学分析.结果 荆芥StDXS基因全长2177bp,包含一个长度为2157 bp的开放阅读框,编码718个氨基酸,其理论相对分子质量为77 240,等电点为6.32,定位于叶绿体,不存在跨膜区及信号肽,为非分泌蛋白.同源系统进化树分析表明,该序列与同科植物鼠尾草的DXS基因进化关系较近,均属于DXS1亚家族.密码子偏性分析表明,该基因偏好使用以A/T结尾的密码子,具有28个偏性密码子,烟草为该基因最适合的外源表达宿主.结论 成功克隆荆芥StDXS基因并进行生物信息学分析,为从分子水平调控荆芥的生长发育和改善药材产量和品质提供理论基础.