大豆灰斑病菌Race 15的全基因组测序分析

• 作者: 顾鑫 杨晓贺 姚亮亮 高雪冬 张茂明 刘伟 赵海红 丁俊杰
• 来源期刊: 大豆科学
• 关键词: 大豆灰斑病 Race 15 全基因组测序 基因功能注释 毒力相关基因
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学|Genetic & Breeding·Molecular Biology
• 页码范围: 466-475
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2021.04.0466

摘要

大豆灰斑病菌新小种Race 15具有强致病力和明显的生理分化现象,可导致传统抗病大豆品种的抗性丧失.为在基因组水平解析其致病机理,本研究对Race 15菌株进行全基因组测序和基因功能注释,并分析其毒力相关基因的代谢途径.结果表明:大豆灰斑病菌Race 15的全基因组de novo测序共产生601 794个PacBio读数,得到6 038 283 778 bp数据,经过组装得到12个contigs,N50长度为4.9 Mb,组装后得到的总序列长度为40.12 Mb.共预测到12 607个编码基因,基因密度约314个.Mb-1,预测得到了 200个tRNA,2个sRNA和13个snRNA.共有680个基因在病原与宿主互作数据库中注释,340个基因在碳水化合物酶数据库中注释,777个基因预测为次生代谢物相关基因,此外还有766个基因预测为分泌蛋白.这些与毒力相关的致病基因主要涉及细胞壁分解酶、真菌的形态构成、毒素和色素生物合成等.