基于TCGA数据库筛选调控mRNA表达的子宫颈癌相关基因

• 作者: 石凤 陈志鸿 李光景 陈升才 罗小琼 王俊利
• 来源期刊: 中国医科大学学报
• 关键词: 生物信息学 子宫颈癌 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 论著|Original article
• 页码范围: 312-317
• 页数: 6页
• 分类号: R737.33
• 语种: 中文
• DOI: 10.12007/j.issn.0258-4646.2021.04.005

摘要

目的 基于癌症基因组图谱?(TCGA)?数据库筛选调控子宫颈癌发生发展的遗传突变基因,并探讨突变基因的临床价值.方法 从TCGA数据库下载子宫颈癌相关单核苷酸多态性数据和表达谱数据.通过R软件进行差异表达分析.通过DAVID软件对差异表达基因进行基因本体论?(GO)?和京都基因与基因组百科全书?(KEGG)?通路富集分析,并使用String和Cytoscape进行蛋白网络互作分析.筛选与蛋白表达水平相关的突变基因并绘制生存曲线.结果 GO和KEGG富集分析显示突变基因负调控RNA聚合酶Ⅱ启动子区域、参与Notch信号通路及多种致癌过程.DNAH17、FBXW7和SYNE23个突变基因与相应的mRNA表达水平显著相关?(P分别为0.020、?0.029、0.031).SYNE2高表达显著降低子宫颈癌患者的无病生存期?(P?=?0.008).结论 DNAH17、FBXW7和SYNE2基因突变可调控mRNA的表达水平,为子宫颈癌的遗传突变风险提供重要的生物信息学理论依据.