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三种方法对草地贪夜蛾基因组转座子的注释
三种方法对草地贪夜蛾基因组转座子的注释
作者:
张春辉
王磊
刘运
彭长军
岳碧松
李静
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
转座子
Repbase
ArTEdb
从头预测
草地贪夜蛾析
摘要:
[目的]转座子(Transposable element,TE)是昆虫基因组的重要组成,不同昆虫类群的TE组成、基因组占比及转座活性等基本特征存在巨大差异.本研究旨在探究不同方法对于草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda TE的注释效果,并在基因组水平阐明草地贪夜蛾TE的基本特征.[方法]采用3种方法对草地贪夜蛾基因组TE进行预测,包括基于数据库Repbase、ArTEdb进行同源预测,基于重复序列的特性和结构进行从头预测.[结果]ArTEdb方法和从头预测方法鉴定的TE分别占基因组21.48%和27.26%,其中LINE元件无论是拷贝数还是分布密度都最高;其次是DNA元件.2种方法预测的TE分歧率分布峰值约10%,而分歧率<10%的TE主要是DNA转座子和LINE.比较3种方法的预测结果,Repbase方法灵敏度低,预测的TE远少于其他2种方法.ArTEdb方法能注释出更多的TE,但该方法对于已知超家族鉴定效果不佳.而从头预测注释出的TE数量多,且能划分到不同超家族,甚至能鉴定不包含在Repbase鳞翅目库的TE超家族.[结论]草地贪夜蛾基因组最主要的TE类型是LINE和DNA元件,基因组存在 大量年轻的转座子,草地贪夜蛾在TE家族的组成上与其它鳞翅目物种存在差异.从头预测的方法对草地贪夜蛾基因组TE注释效果较其它2种方法更好.这一研究结果为深入研究转座子的功能及其对草地贪夜蛾基因组多样性奠定了基础.
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篇名
三种方法对草地贪夜蛾基因组转座子的注释
来源期刊
应用昆虫学报
学科
关键词
转座子
Repbase
ArTEdb
从头预测
草地贪夜蛾析
年,卷(期)
2021,(3)
所属期刊栏目
研究论文|Research Articles
研究方向
页码范围
685-696
页数
12页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.7679/j.issn.2095-1353.2021.069
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ArTEdb
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草地贪夜蛾析
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
应用昆虫学报
主办单位:
中国昆虫学会
中国科学院动物研究所
出版周期:
双月刊
ISSN:
0452-8255
CN:
11-6020/Q
开本:
16开
出版地:
北京朝阳区北辰西路1号院5号中科院动物所
邮发代号:
2-151
创刊时间:
1955
语种:
chi
出版文献量(篇)
4128
总下载数(次)
7
总被引数(次)
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