多裂骆驼蓬叶片转录组分析

• 作者: 夏铭泽 张雨 余静雅 张发起
• 来源期刊: 广西植物
• 关键词: 多裂骆驼蓬 转录组分析 基因注释 SNP SSR
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 生理与分子生物学|Physiology and Molecular Biology
• 页码范围: 503-513
• 页数: 11页
• 分类号: Q943
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201909063

摘要

多裂骆驼蓬为西北荒漠地区常见植物,具有抗风固沙、防止水土流失、抑菌杀虫和抗肿瘤等功效.为了增加骆驼蓬属植物开发利用的强度,弥补其基因功能、代谢通路等分子生物学研究层面的空缺,该文利用Illumina高通量测序平台对多裂骆驼蓬叶片进行转录组测序,根据测序结果进行转录组数据拼接、功能注释、序列水平和表达水平等分析.结果表明:共获得7723653900 bp核苷酸序列信息,拼接组装得到78641条Unigene,预测出55535条CDS序列.与多个数据库对比后,获得33184个NR数据库注释信息;31835个GO数据库注释信息;17206个KOG数据库Unigene功能分类信息;7617个KEGG数据库代谢通路注释信息.对单核苷酸多态性位点和微卫星信息进行检测分析,共发现86113个SNP位点,6987个SSR信息.该研究首次获得并分析了多裂骆驼蓬的转录组数据,通过基因比对、CDS预测、通路注释、SNP检测和SSR检测等方法,对该植物的基因、通路以及分子标记等方面有了初步的认识,为本种植物后续研究及资源的开发利用奠定了基础.