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多裂骆驼蓬叶片转录组分析
多裂骆驼蓬叶片转录组分析
作者:
夏铭泽
张雨
余静雅
张发起
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
多裂骆驼蓬
转录组分析
基因注释
SNP
SSR
摘要:
多裂骆驼蓬为西北荒漠地区常见植物,具有抗风固沙、防止水土流失、抑菌杀虫和抗肿瘤等功效.为了增加骆驼蓬属植物开发利用的强度,弥补其基因功能、代谢通路等分子生物学研究层面的空缺,该文利用Illumina高通量测序平台对多裂骆驼蓬叶片进行转录组测序,根据测序结果进行转录组数据拼接、功能注释、序列水平和表达水平等分析.结果表明:共获得7723653900 bp核苷酸序列信息,拼接组装得到78641条Unigene,预测出55535条CDS序列.与多个数据库对比后,获得33184个NR数据库注释信息;31835个GO数据库注释信息;17206个KOG数据库Unigene功能分类信息;7617个KEGG数据库代谢通路注释信息.对单核苷酸多态性位点和微卫星信息进行检测分析,共发现86113个SNP位点,6987个SSR信息.该研究首次获得并分析了多裂骆驼蓬的转录组数据,通过基因比对、CDS预测、通路注释、SNP检测和SSR检测等方法,对该植物的基因、通路以及分子标记等方面有了初步的认识,为本种植物后续研究及资源的开发利用奠定了基础.
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文献信息
篇名
多裂骆驼蓬叶片转录组分析
来源期刊
广西植物
学科
关键词
多裂骆驼蓬
转录组分析
基因注释
SNP
SSR
年,卷(期)
2021,(4)
所属期刊栏目
生理与分子生物学|Physiology and Molecular Biology
研究方向
页码范围
503-513
页数
11页
分类号
Q943
字数
语种
中文
DOI
10.11931/guihaia.gxzw201909063
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研究来源
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期刊影响力
广西植物
主办单位:
广西壮族自治区广西植物研究所
中国科学院广西植物研究所
广西植物学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-3142
CN:
45-1134/Q
开本:
大16开
出版地:
广西桂林市雁山镇85号广西植物研究所《广西植物》编辑部
邮发代号:
48-43
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
3580
总下载数(次)
1
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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