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摘要:
多裂骆驼蓬为西北荒漠地区常见植物,具有抗风固沙、防止水土流失、抑菌杀虫和抗肿瘤等功效.为了增加骆驼蓬属植物开发利用的强度,弥补其基因功能、代谢通路等分子生物学研究层面的空缺,该文利用Illumina高通量测序平台对多裂骆驼蓬叶片进行转录组测序,根据测序结果进行转录组数据拼接、功能注释、序列水平和表达水平等分析.结果表明:共获得7723653900 bp核苷酸序列信息,拼接组装得到78641条Unigene,预测出55535条CDS序列.与多个数据库对比后,获得33184个NR数据库注释信息;31835个GO数据库注释信息;17206个KOG数据库Unigene功能分类信息;7617个KEGG数据库代谢通路注释信息.对单核苷酸多态性位点和微卫星信息进行检测分析,共发现86113个SNP位点,6987个SSR信息.该研究首次获得并分析了多裂骆驼蓬的转录组数据,通过基因比对、CDS预测、通路注释、SNP检测和SSR检测等方法,对该植物的基因、通路以及分子标记等方面有了初步的认识,为本种植物后续研究及资源的开发利用奠定了基础.
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文献信息
篇名 多裂骆驼蓬叶片转录组分析
来源期刊 广西植物 学科
关键词 多裂骆驼蓬 转录组分析 基因注释 SNP SSR
年,卷(期) 2021,(4) 所属期刊栏目 生理与分子生物学|Physiology and Molecular Biology
研究方向 页码范围 503-513
页数 11页 分类号 Q943
字数 语种 中文
DOI 10.11931/guihaia.gxzw201909063
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研究主题发展历程
节点文献
多裂骆驼蓬
转录组分析
基因注释
SNP
SSR
研究起点
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相关学者/机构
期刊影响力
广西植物
月刊
1000-3142
45-1134/Q
大16开
广西桂林市雁山镇85号广西植物研究所《广西植物》编辑部
48-43
1981
chi
出版文献量(篇)
3580
总下载数(次)
1
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
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