乌梁素海沉积物中厌氧氨氧化细菌PCR扩增方案优化

• 作者: 丁晓宇 卢兴顺 侯俊青 赵子闻 李佳 武琳慧
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 地球科学
• 关键词: 乌梁素海沉积物 厌氧氨氧化菌 Hzo基因 PCR 引物
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 技术与方法|Technique and Method
• 页码范围: 546-552,533
• 页数: 8页
• 分类号: X172
• 语种: 中文
• DOI: 10.16519/j.cnki.1004-311x.2021.06.0084

摘要

[目的]对乌梁素海沉积物中厌氧氨氧化细菌的PCR扩增方案进行优化.[方法]采集乌梁素海沉积物样品,提取细菌总DNA,以厌氧氨氧化细菌功能基因Hzo基因为研究对象,通过基于普通PCR和巢式PCR筛选适宜的引物、探究不同的PCR退火条件,确立PCR引物的最佳选择以及最佳扩增条件.[结果]以HzoAB4F/HzoAB4R为引物,PCR退火温度为53℃的条件下,能获得预期的600 bp左右的条带,但由于引物二聚体的出现,对于后续菌群结构的研究可能带来一些影响,因此该扩增策略还需要继续完善;其他引物进行的PCR反应扩增,获得的结果特异性均较差.巢式PCR方案(HzoAB1F/ HzoAB1R为第一轮引物、HzoAB4F/HzoAB4R作为第二轮引物),PCR退火温度为55℃的条件下,可大大提高对厌氧氨氧化细菌功能基因Hzo扩增的特异性.[结论]成功对乌梁素海沉积物中厌氧氨氧化细菌功能基因Hzo进行扩增,研究发现巢式PCR方案适用于环境中厌氧氨氧化细菌的分子生态学研究.