无芒隐子草全基因组水平全长LTR反转录转座子鉴定及其中断基因分析

• 作者: 王艺蒙 马甜甜 欧阳子凤 张吉宇
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 无芒隐子草 全长LTR-RTs 插入时间 中断基因 基因组
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 121-133
• 页数: 13页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11686/cyxb2020219

摘要

LTR反转录转座子是植物基因组内大量可移动的遗传因子,是基因组的重要成分之一.无芒隐子草基因组大小为543 M,全基因组中共鉴定出了299079个LTR反转录转座子,占全基因组的26.54％,但是缺少无芒隐子草全长LTR反转录转座子的研究.基于无芒隐子草全基因组序列,筛选出具有潜在活性的全长LTR反转录转座子845个,其中有410个属于Gypsy超家族,435个属于Copia超家族.对这些序列进行了系统进化树的构建和插入时间的分析,发现全长LTR反转录转座子的大量转座发生在4百万年内,插入时间较近,插入高峰期是1～1.5百万年间.筛选出被全长LTR反转录转座子中断的基因有183个,145个被中断的基因得到了GO功能注释,分析了被中断基因在不同干旱胁迫处理下的基因表达模式.对反转录转座子的鉴定有助于深入了解无芒隐子草的进化过程,为无芒隐子草全长LTR反转录转座子与中断基因的后续研究奠定基础.