基于类风湿关节炎的基因表达芯片的差异分析

• 作者: 陈璞
• 来源期刊: 广西中医药大学学报
• 关键词: 类风湿关节炎 富集分析 蛋白质互作网络
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 其他
• 页码范围: 122-126
• 页数: 5页
• 分类号: R593.22
• 语种: 中文

摘要

[目的]寻找类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)新的特异性表达标记物,探索RA的发病机制.[方法]从NCBI上的GEO数据库下载GSE55235数据集,然后通过预处理以及R语言limma分析后得出表达差异基因.通过cluster Profile包对表达差异基因进行基因本体论(GO)和京东基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析.最后对表达差异的基因进行蛋白互作网络分析.[结果]通过对10个正常样本和10个疾病样本进行比较,共筛选出876个可能与RA发病机制有关且表达差异有统计学意义的基因(差异倍数>1,P<0.01),其中536个表达上调,340个表达下调.差异基因主要富集在T cell activation、Leukocyte mi?grate、Leukocyte cell-cell adhesion、Regulation of lymphocyte activation、Antigen receptor-mediated signaling pathway、External side of plasma membrane、Tertiary granule、Membrane region、Membrane raft、Membrane micro?domain、Glycosaminoglycan binding、MHC protein complex binding、Cytokine receptor activity、Cytokine binding、Heparin binding等GO分类以及Osteoclast differentiation、Leishmaniasis、B cell receptor signaling pathway、Pri?mary immunodeficiency、Hematopoietic cell lineage、Rheumatoid arthritis、Th17 cell differentiation、Epstein-Barr virus infection、T cell receptor signaling pathway等信号通路.类风湿关节炎RA的关键基因为EGFR、CD8A、CCR7、RAC2、EGR1、PPARG、CDKN1A、CD4、ZAP70和JUN,关键基因之间存在复杂的相互作用.[结论]关键基因EGFR、CD8A、CCR7、RAC2、EGR1、PPARG、CDKN1A、CD4、ZAP70和JUN在RA患者中异常表达,可能参与了RA的发生发展.