双孢蘑菇基因组密码子的偏好性分析

• 作者: 韩利红 代冬琴 赵明玉 刘潮
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 双孢蘑菇 基因组 密码子偏性 最优密码子 基因表达
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Research papers
• 页码范围: 603-615
• 页数: 13页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.200268

摘要

双孢蘑菇Agaricus bisporus是世界上最广泛栽培的食用菌之一.本研究通过分析双孢蘑菇基因组密码子使用偏性,探讨密码子偏性的影响因素及其对基因表达的影响.以双孢蘑菇基因组和转录组数据为依据,分析了双孢蘑菇基因组基因、高表达基因(high expression gene,HEG)和低表达基因(low expression gene,LEG)的密码子使用性.发现双孢蘑菇基因组编码基因平均GC含量为49.08％,T3s值(35.59％)最高,平均ENC值偏高,多数基因表达潜力较低.共鉴定出14个最优密码子,均以C或T结尾,并且遵循密码子中嘌呤和嘧啶使用的均衡性原则.高表达基因具有更强的密码子偏性,进化过程中受到基因突变和自然选择等多种因素影响.基因表达与G/C碱基含量和CAI值呈极显著正相关.高表达基因编码了多种与真菌生长发育相关的蛋白和酶类.研究结果明确了双孢蘑菇基因密码子的使用偏性,为双孢蘑菇转基因育种和品质改良提供了参考.