鄱阳湖流域蚌类环境DNA宏条形码引物的筛选验证

• 作者: 陈金萍 周春花 欧阳珊 黄晓晨 吴小平
• 来源期刊: 湖泊科学
• 关键词: 环境DNA 生物多样性 蚌类 分子标记 鄱阳湖流域
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文——水生态与生物多样性保育|Research papers—Freshwater ecology and biodiversity conservation
• 页码范围: 1254-1264
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.18307/2021.0425

摘要

环境DNA技术是一种非侵入、高灵敏、高效率且对环境无破坏性,对生物体无损伤的调查工具.为了筛选适合于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物,本研究通过对鄱阳湖流域24种常见蚌的基因组DNA进行普通扩增和高通量测序筛选了11对引物(设计了9对通用引物及从相关文献中引用了2对引物),结果显示引物cytb和16S rRNA具有良好的扩增效果和高辨别度.进一步用环境样本(n=6)并结合传统采样技术对这2对引物进行验证,结果表明:使用引物16S rRNA共注释到蚌科物种6属8种,蚌科物种序列占总序列数的26.69％;而使用引物cytb共注释到蚌科物种4属6种,蚌科物种序列占总序列数的6.60％.引物16S rRNA更适合用于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物.在生物多样性监测中环境DNA技术可以作为传统方法的有效补充,且同时使用多对引物,可增加可信度和检测率.