烟草暴露对孕妇胎盘组织基因表达谱影响的机制研究

• 作者: 候燕 孙媛
• 来源期刊: 宁夏医学杂志
• 关键词: 烟草 孕妇 Hub基因 生物信息学 蛋白互作网络
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 115-118
• 页数: 4页
• 分类号: R114.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13621/j.1001-5949.2021.02.0115

摘要

目的 通过生物信息学分析吸烟与不吸烟孕妇的差异表达基因谱,找出吸烟可能对体内作用的关键基因,及其对功能分析进行预测.方法 从公共基因芯片数据平台(GEO)检索吸烟对孕妇基因表达谱影响的mR-NA基因芯片数据集GSE71931,通过GE02R分析得到差异表达基因,并进一步用DAVID数据库对靶基因进行功能预测和KEGG信号通路富集分析,应用string数据库和cytoscape构建共表达关系以及对结果进行可视化,筛选hub基因和关键集簇.选取最关键的hub基因,应用qPT-PCR方法进行结果验证.结果 共筛选出182个吸烟与不吸烟孕妇的差异表达基因,其中135个mRNA表达上调,47个mRNA表达下调(FC≥2,P＜0.05).GO分析显示,差异表达基因生物学过程主要涉及对药物反应、cAMP分解代谢过程、蛋白处理;KEGG分析显示,差异表达基因主要和嘌呤代谢、吗啡成瘾等信号通路有关.蛋白质相互作用网络筛选出CDK6、SMARCA4和CKAP5等10个关键基因,对其中最关键的hub基因CDK6进行验证后发现,吸烟孕妇胎盘组织中CDK6基因表达量显著低于不吸烟孕妇.结论 生物信息学能有效筛选和分析孕妇烟草暴露后的相关差异表达基因,为进一步探讨烟草作用的靶点及分子机制提供思路.