基于GEO和TCGA数据筛选和鉴定食管鳞状细胞癌关键枢纽基因

• 作者: 刘蓉 黄伟 王磊
• 来源期刊: 医学临床研究
• 关键词: 癌,鳞状细胞 食管肿瘤 基因表达调控,肿瘤 遗传学技术
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Articles
• 页码范围: 659-663
• 页数: 5页
• 分类号: R735.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7171.2021.05.006

摘要

[目的]基于GEO和TCGA数据库中的食管鳞状细胞癌的转录组数据,利用生物信息学方法筛选和鉴定食管鳞状细胞癌的关键枢纽基因.[方法]下载GEO中食管鳞状细胞癌数据集GSE17351和TCGA中的食管鳞状细胞癌RNA-seq数据,利用R软件Limma程序包筛选差异表达基因;利用ClusterProfiler程序包对差异基因进行GO分析和KEGG信号通路富集;利用STRING工具分析差异基因编码蛋白之间的相互作用网络并用Cytoscape软件进行可视化展示;利用Cytoscape的Cytohubba插件分析关键枢纽基因;利用K-Mplotter分析关键枢纽基因的预后价值.[结果]通过GEO和TCGA筛选共得到167个共同差异表达基因;差异基因主要与核分裂、ATPase活性和DNA解旋酶活性等GO过程相关,且显著富集于DNA细胞周期、DNA复制、错配修复、卵母细胞减数分裂、ECM-受体相互作用、p53及Wnt等信号通路;一共筛选得到10个关键枢纽基因,其中BUB1、MAD2L1、NUF2、KIF18A、CENPK、CENPN、CENPQ和SPC25等8个基因与食管鳞状细胞癌患者的预后呈显著负相关.[结论]本研究经筛选得到了10个食管鳞状细胞癌关键枢纽基因,其中8个与预后相关,为食管鳞状细胞癌的分子机制研究和预后判断提供了潜在的靶点.