豹猫转录组从头组装及组织特异性表达分析

• 作者: 蒋兰 张雪艳 王俊茵 李静
• 来源期刊: 四川动物
• 关键词: 豹猫 转录组 从头组装 组织特异性表达
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 497-508
• 页数: 12页
• 分类号: Q78|Q959.838
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20210126

摘要

豹猫Prionailurus bengalensis是亚洲分布最广的食肉动物之一,国家二级重点保护野生动物.本研究对豹猫6个组织(大脑、心脏、肾脏、肝脏、肺和骨骼肌)进行了转录组测序,共获得51.4 Gb的原始数据.使用Trinity进行从头组装,最终获得了369246条转录本,其平均长度为1465 bp,转录本N50长度为2660 bp,组装质量较高.注释结果显示,约42.44％(114517条)的转录本在4个公共数据库中成功获得注释,65895条转录本被分配到了386条KEGG通路中.根据转录本表达量构建各组织的表达图谱、计算组织特异性指数(TSI),39.65％的转录本为0.15≤TSI≤0.85,具有中等组织特异性,60.34％的转录本TSI>0.85,具有较高的组织特异性.统计豹猫每个组织中表达量最高的10条转录本,共39条转录本,其中26条的表达具有高组织特异性(TSI>0.85),显示大部分高表达基因都表现出高组织特异性.