基于宏基因组学的新疆牧场羊潜在人兽共患病原菌调查

• 作者: 陈紫昕 刘海灿 屈勇刚 邓云丽 宋德强 徐春生 祁凤华 万康林 刘志广 袁秀琴
• 来源期刊: 中南医学科学杂志
• 关键词: 羊 人兽共患病 细菌多样性 宏基因组
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 基础医学|BASIC MEDICINE
• 页码范围: 497-501
• 页数: 5页
• 分类号: R195.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.15972/j.cnki.43-1509/r.2021.05.001

摘要

目的 探究新疆牧场羊携带微生物多样性及潜在人兽共患病原菌种类,为有效防治人兽共患病提供理论依据.方法 选取新疆喀什和石河子市牧场羊群,同期采集羊口咽拭子和肛拭子样品,提取DNA,采用宏基因组二代测序,比对Minikrakenv2数据库,测序结果进行物种注释、多样性和差异性分析,了解两地区羊携带的细菌种类.结果 共采集羊口咽拭子72份和肛拭子231份.门水平上,两样品占主导地位的微生物为变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;属水平上,两样品的优势菌属均不相同,共检出10种主要以食源性传播为主的人兽共患病原菌:大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、鲍曼不动杆菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、蜡样芽孢杆菌、化脓性链球菌和猪链球菌.经主坐标(PCoA)分析和相似性(ANOSIM)分析,两地区间羊携带细菌和潜在人兽共患病细菌的差异均有统计学意义(P＜0.05).结论 新疆地区牧场羊口咽部和肛门部菌群存在多样性及地区差异性,检出的人兽共患病原菌以食源性传播为主,存在食品安全和疾病传播风险.