玉米穗发芽突变体vp-like4的转录组分析

• 作者: 孙明昊 郭宇航 李健 郑军 杨伟光
• 来源期刊: 吉林农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米 穗发芽 vp-like4 vp15 转录组测序 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Research Paper
• 页码范围: 642-650
• 页数: 9页
• 分类号: S513
• 语种: 中文
• DOI: 10.13327/j.jjlau.2019.5438

摘要

穗发芽是威胁粮食安全的全球性重要灾害.以玉米穗发芽突变体(viviparous) vp-like4与自交系郑58、Mo17组配的F2分离群体为材料,利用转录组测序技术(RNA-seq),结合生物信息学方法,比较野生型和与之对应的突变体的差异表达基因,并分析差异基因功能以及相关的代谢通路,探索调控玉米穗发芽发生的分子机制.结果 表明:在突变体中共有3376个差异表达基因(DEGs),其中有2252个上调表达基因,1124个下调表达基因.GO(Gene ontology)功能富集分析结果显示,2151个差异基因被注释,并被富集在716个GO分类条目上,这些被富集的条目主要与新陈代谢以及胁迫响应相关.参考KEGG数据库对差异基因的代谢途径进行分析,发现差异基因显著富集在植物激素信号转导(Plant hormone signal transduction)、淀粉和蔗糖代谢(Starch and sucrose metabolism)、光合作用(Photosynthesis)等途径中.以上结果表明,筛选到的差异基因以及其所属的GO分类条目和代谢途径与玉米穗发芽的发生紧密相关,同时也为深入研究穗发芽基因以及相关的调控网络提供了重要的数据支持.