基于全基因组重测序技术的狮头鹅Indel标记分析

• 作者: 王慧芳 周光现 孙永峰 陈新企 雷栩斌 张锐毅 贾汝敏 赵志辉
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 关键词: 狮头鹅 重测序 Indel 信号通路 产蛋
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种|ANIMAL GENETICS AND BREEDING
• 页码范围: 662-675
• 页数: 14页
• 分类号: S835.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2021.03.010

摘要

旨在利用重测序技术分析狮头鹅基因Indel差异并探讨其产蛋调控通路.本研究选用产蛋量有差异的成年狮头鹅和吉林白鹅母鹅各5只,采用全基因组重测序方法,对两个品种基因组水平的插入缺失突变情况进行比较分析.结果表明,测序共得到350.35 Gb数据,其中Q20与Q30平均值分别为96.74％、92.19％;通过注释分析发现了 748 821.2个Indel变异位点.10只试验鹅的Indel位点在编码区(CDS)的分布趋势和数量与参考基因组相似,其中有11 737个Indel位点导致了插入或删除;在此基础上,进一步分析筛选产蛋相关通路,发现在GnRH信号通路、雌激素信号通路、催产素信号通路、催乳素信号通路以及孕酮介导的卵母细胞成熟通路中分别有15、1、1、1、18个变异基因参与狮头鹅产蛋调控.结果显示,通过Indel位点分析表明,GnRH信号通路、雌激素信号通路、催产素信号通路、催乳素信号通路和孕酮介导的卵母细胞成熟通路均与狮头鹅产蛋有关,并进一步筛选出可能的产蛋相关基因.这些数据将为我们研究狮头鹅繁殖性能提供有效基础和依据.