转录组分析布鲁氏杆菌患者外周血免疫基因的表达情况

• 作者: 白贺霞 左明明 盘晓芳 赵新芳 韩璇雪
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 关键词: 布鲁氏杆菌病 免疫基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 所属期刊栏目: 实验研究|Experimental Studies
• 页码范围: 709-714
• 页数: 6页
• 分类号: R378.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2021.00.089

摘要

目的 通过生物信息学分析方法探讨布鲁氏杆菌病的关键失调免疫基因和分子机制.方法 从GSE69597中获取布鲁氏杆菌病患者全血转录组表达数据.通过差异分析筛选布鲁氏杆菌病患者和对照之间的差异表达基因(DEGs),并利用immport数据库调取DEGs中免疫相关的基因集(immune-DEGs).通过Enirchr在线富集工具对immune-DEGs进行富集分析.构建immune-DEGs的蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,并鉴定网络中的高度互联的核心(hub)基因.利用qRT-PCR验证hub基因的表达,并绘制hub基因的ROC曲线.使用ssGSEA算法评估布鲁氏杆菌病患者中免疫细胞的评分,并通过流式细胞术检测血液样本中免疫细胞的水平.结果 共获得390个immune-DEGs,富集结果中发现了T细胞受体信号通路和Th17细胞分化等.在10个hub基因中IFNG和TNF在布鲁氏杆菌组中显著高表达.ROC曲线表明IFNG对布鲁氏杆菌病具有良好诊断意义.此外,活化型CD4T细胞、效应型CD4T细胞、效应记忆型CD8T细胞和2型T辅助细胞因子在布鲁氏杆菌患者中明显增多.流式细胞术检测发现与健康对照组相比,布鲁氏杆菌病患者外周血中Th2和Th17细胞比例增高,Th1和Treg细胞比例则降低.结论 本研究结果不仅提高了我们对布鲁氏杆菌感染后机体免疫反应的认识,还为诊断和治疗布鲁氏杆菌病提供了更多的方向.