基于Illumina Miseq分析黄精根腐病根际土壤真菌群落结构及多样性

• 作者: 卢圣鄂 肖波 任风鸣 卓维 黄红燕
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 关键词: 黄精 根腐病 微生物群落 高通量测序 α-多样性
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 专题讨论一:中药研究|Thematic Dicussion I:Chinese Materia Medica
• 页码范围: 13-19
• 页数: 7页
• 分类号: R285
• 语种: 中文
• DOI: 10.11842/wst.20200513004

摘要

目的 研究患根腐病和健康黄精的根际土壤真菌群落结构组成、丰富度和多样性变化情况,为查明黄精根腐病发生机制提供线索.方法 以4年生黄精根腐病根际土壤(GG组)、4年生健康黄精根际土壤(GJ组)和未种过黄精的土壤(GK组)为研究对象,采用Illumina Miseq技术分析土壤真菌群落结构组成.结果 9个土壤样品基因组共获得有效ITS1序列1063335条,病株组土样真菌OTUs数显著少于健康组和空白组土样.种群多样性指数显示病株组最低,空白组最高,在门分类水平上,患根腐病组及健康组土样的主要优势菌群均为子囊菌门、担子菌门、Zoopagomycota、毛霉门、壶菌门.在属分类水平上,3组真菌群落结构组成及丰度差别较大,与黄精根腐病相关的病原菌镰刀菌属Fusarium存在于所有样品中,而有益菌木霉菌属在健康组和空白组土样的丰度显著高于患病组土样.结论 黄精根腐病株和健康株根际土壤微生物组成具有显著性差异,对于探究黄精根腐病发生的微生态机制和改良种植黄精土壤微生物具有理论指导作用.