感染性疾病的微生物宏基因组测序结果判读的比较

• 作者: 李曼诗 黄巍峰 陆一涵
• 来源期刊: 复旦学报（医学版）
• 关键词: 宏基因组测序(mNGS) 感染性疾病 NCBI NR数据库 MetaPhlAn2数据库
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 论著|Papers
• 页码范围: 624-629
• 页数: 6页
• 分类号: R183|R446.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-8467.2021.05.009

摘要

目的 分析感染性疾病的微生物宏基因组测序结果,比较两个数据库注释结果的一致性.方法 收集感染性疾病患者的不同类型临床标本,进行宏基因组二代测序,分别采用NCBI NR数据库和MetaPhlAn2数据库注释测序结果,并进行一致性检验.结果 2019年6月—2020年10月,在上海市4家医院内收集疑似感染性疾病患者174份标本的宏基因组测序数据进行分析.NCBI数据库阳性检出率为67.2％,MetaPhlAn2数据库阳性检出率为93.1％.不同类型标本的微生物检出率存在差异,外周血和脑脊液的检出率相对较低,其他标本的检出率较高.基于原始注释结果,按照检出微生物种类(细菌、病毒、真菌、未检出),两个数据库的注释结果一致性仅为36.8％,Kappa值为0.1779(Z=5.2781,P<0.0001).分别调整两个数据库的判读标准之后,一致性提升为73.0％,Kappa值为0.5712(Z=11.7362,P<0.0001);其中,脑脊液标本中微生物种类的检出一致性最高,为74.0％,Kappa值为0.5120(Z=5.1392,P<0.0001).结论 两个数据库均能注释识别存在的主要病原体.针对无菌部位标本的宏基因组测序结果注释,MetaPhlAn2数据库与传统的NCBI数据库一致性较好,可以作为后者的补充.