基于高原鼠兔简化基因组数据的微卫星引物开发

• 作者: 贺玉姣 胡万军 都玉蓉 王婷 杜雷 胡书立
• 来源期刊: 野生动物学报
• 关键词: 高原鼠兔 简化基因组测序 微卫星引物
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文|ORIGINAL PAPERS
• 页码范围: 730-736
• 页数: 6页
• 分类号: Q951
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-0127.2021.03.011

摘要

高原鼠兔(Ochotona curzoniae)是青藏高原的关键种,对其分子标记的开发有助于高原鼠兔种群生态等问题的研究.基于简化基因组测序技术获得了高原鼠兔简化基因组序列信息,并开发了微卫星分子标记.结果表明:通过MISA软件分析共检测到7064个SSR位点,其中单核苷酸和二核苷酸重复基序数量最多,各占46.15％和38.37％.四核苷酸重复基序的类型最多,达83种;其次是三核苷酸重复基序的类型,为50种.不同类型SSR位点基序的重复次数也不同.通过取SSR与InDel的交集,获得182处符合条件的SSR区域,并最终设计出90对引物.随机选择70对引物在8个高原鼠兔样本中进行验证,有42对引物具有单一条带,且多态性较好,占总检测引物的60％.研究表明,本方法在筛选高原鼠兔SSR标记中是可行的,所得引物可以应用于高原鼠兔遗传多样性、种群遗传分析等问题的研究中.