基于基因分型测序(GBS)技术分析鲂鲌鱼类及其杂交子代的遗传结构

• 作者: 刘凯 冯晓宇 沈玉帮 马恒甲 李家乐 郭炜 谢楠
• 来源期刊: 水产学报
• 关键词: 三角鲂 翘嘴鲌 蒙古鲌 杂交 单核苷酸多态性 基因结构 基因分型测序
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 页码范围: 1307-1316
• 页数: 10页
• 分类号: Q959.4|S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20200712319

摘要

为利用基因分型测序(GBS)技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构进行分析.本研究采用GBS技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代(F1)共6个个体的鳍条提取总DNA进行双酶切简化基因组测序,使用Stacks软件构建SNP比对参考基因组进行分析.结果显示,6个个体共产生clean data 7.01 GB,平均每个样品1.17 GB;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点399145个,质控过滤后得到SNP位点97911个.基于亲本及其子代的SNP位点分析表明,亲本及其子代的平均观测杂合度(Ho)为0.3394,平均期望杂合度(He)为0.2853,平均多态性信息含量(PIC)为0.2737,平均核苷酸多样性(Pi)为0.3727,平均最小等位基因频率(MAF)为0.2472,平均可分型样品比例(genotype rate)为93.94％.遗传分化指数和遗传距离分析结果表明,三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代间的分化指数为0.3096～0.8940,遗传距离为0.3705～2.2443.使用最大似然(ML)法构建的系统进化树显示,三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代区分明显.本研究通过对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构分析,将为鲂鲌鱼类的杂交选育提供更多的遗传学数据.