冠心病m6A修饰差异关键基因的筛选与验证

• 作者: 罗荔 涅鲁排尔·热依木江 金颖 罗梅
• 来源期刊: 新疆医科大学学报
• 关键词: 冠心病 m6A修饰 差异基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究|Basic Medicine Research
• 页码范围: 683-690
• 页数: 8页
• 分类号: R714.21
• 语种: 中文
• DOI: 10.3639/j.issn.1009-5551.2021.06.008

摘要

目的 应用网络平台和生物信息学探讨冠心病m6A修饰差异基因,为临床研究和分子诊断提供理论支持.方法 下载基因芯片数据集GSE113079和GSE64554,使用R语言limma对数据进行标准化,基于贝叶斯函数鉴定数据集的差异表达基因.筛选出所有m6A甲基化修饰基因,qPCR验证差异倍数排名前10的基因在冠心病患者PBMCs中的表达.R语言ClusterProfile对所筛选出的差异基因进行基因本体(GO)和基因组百科全书(KEGG)分析,String数据库分析差异基因编码蛋白的互作网络.受试者工作特征曲线(ROC)分析核心差异基因对冠状动脉疾病(CAD)预后的影响.结果 从PBMCs、EAT、SAT中各筛选出598、298、316个差异基因.CAD患者中前10个差异基因中,HNRNPA2B1、IGF2BP2、ALKBH5和LRPPRC在冠心病患者PBMCs、EAT和SAT中表达量高,而WTAP、METTL14、FTO、HNRNPC、FMR1和YTHDF1在对照组中表达更高.qPCR方法验证FMR1的表达量与测序结果相反.GO富集分析可见这些差异基因主要与负调控翻译、mRNA稳态调控、RNA代谢等过程相关.KEGG分析这些基因富集在内质网蛋白过程、抗原处理和展示、心肌收缩等信号通路.蛋白互作分析表明HNRNPA2B1、YTHDF1、FTO等与其他基因存在较强的互作作用.ROC分析显示YTHDF1的诊断价值最佳.结论 应用生物信息学可有效分析冠心病的m6A修饰差异基因,YTHDF1可作为预测冠心病的分子标记物.