食管癌预后相关的生物标志物及预后模型的建立

• 作者: 封志炜 李虎玲 王小燕 马金凤 王凯
• 来源期刊: 新疆医科大学学报
• 关键词: 食管癌 mRNA lncRNA miRNA 预后模型
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究|Basic Medicine Research
• 页码范围: 427-434
• 页数: 8页
• 分类号: R735.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3639/j.issn.1009-5551.2021.04.005

摘要

目的 利用肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中的食管癌样本数据,应用生物信息学分析方法 构建基于mRNA、lncRNA、miRNA的预后风险评分系统,为食管癌的预后、治疗决策提供理论依据.方法 下载TCGA数据库中食管癌mRNA、lncRNA、miRNA和临床病理数据,应用拉索(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、单变量和多变量Cox回归确定一组与食管癌预后相关的RNA并建立食管癌的预后风险评分.利用RNA预后风险评分和临床病理特征构建列线图模型,通过受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)和决策曲线分析法(decision curve analysis,DCA)对列线图和肿瘤分期(tumor node metastasis,TNM)模型的优劣进行评估,并使用bootstrap重抽样对列线图模型进行内部验证.结果 经过筛选共得到12个与预后相关的RNA,包括SLC26A9、COX6B2、RP13-672B3.2、RXFP3、OSM,5个mRNA;BLACAT1、CTD-2034I21.2、RP11-60A24.3、RP11-1123I8.1,4个lncRNA;hsa-mir-1269a、hsa-mir-135b、hsa-mir-935,3个miRNA.模型评估显示,基于TNM分期模型的AUC为0.653,RNA预后风险评分和TNM分期联合的列线图模型的AUC为0.815,后者显示出良好的区分能力.DCA显示列线图模型的临床净收益比单纯的TNM分期模型高,且内部验证结果 显示列线图模型预测值和实际值具有良好的一致性.结论 基于12个RNA的预后风险评分具有良好的区分能力,有助于食管癌的临床治疗和预后决策.