榛子胚珠不同发育阶段circRNA的分析与鉴定

• 作者: 刘剑锋 孙莹 魏珩 贺红利 张兴政 程云清
• 来源期刊: 园艺学报
• 关键词: 榛子 转录组 胚珠 环状RNA
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Research Papers
• 页码范围: 1053-1066
• 页数: 14页
• 分类号: S664.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2020-0653

摘要

在榛子胚珠不同发育时期筛选差异表达的circRNA,进一步鉴定其差异表达的靶mRNA,以 期明确circRNA在胚珠中的表达特征及其对胚珠发育的调控作用.在榛子胚珠形成期(Ov1)、早期生长期(Ov2)、快速生长期(Ov3)和成熟期(Ov4)进行胚珠样品采集和Illumina高通量测序,结合已有的mRNA测序分析结果,鉴定参与胚珠发育的差异表达circRNA(DEcircRNA)及其靶差异表达mRNA(DEmRNA).共鉴定到7 122条circRNA,59.54％的circRNA来自外显子区域.在成对比较Ov1-vs-Ov2、Ov1-vs-Ov3、Ov1-vs-Ov4、Ov2-vs-Ov3、Ov2-vs-Ov4和Ov3-vs-Ov4中,分别鉴定到 123、162、187、85、105和21条DEcircRNA;DEcircRNA的表达有明显的发育时期特异性;有199条DEcircRNA的靶mRNA也发生差异表达,两者表达变化高度同步.GO(Gene Ontology)分类结果表明DEcircRNA参与胚珠发育过程中代谢的调控.随机选择了4个差异表达circRNA及靶mRNA,用qRT-PCR分析其在4个胚珠发育阶段表达量的变化,证实qRT-PCR与Illumina高通量测序结果相一致.