基于转录组测序的急性B淋巴细胞白血病IKZF1转录本分型和定量分析

• 作者: 曹泮翔 张广思 王芳 陈雪 张阳 王明宇 周晓苏 聂代静 陈佳琦 马小丽 房建成 刘铭 吴祁生 刘红星
• 来源期刊: 中华医学杂志
• 关键词: 白血病，B细胞 转录组测序 剪接异构体
• 年，卷（期）: 2021,（13）
• 所属期刊栏目: 血液肿瘤基因组研究
• 页码范围: 926-933
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn112137-20201014-02831

摘要

目的:通过转录组测序（RNA-seq）和生物信息分析对急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）患者IKZF1基因突变型转录本进行分型和定量分析。方法:选择2018年9月至2020年9月河北燕达陆道培医院263例B-ALL患者为研究对象。设计一套用RNA-seq数据进行IKZF1转录本分型和定量分析的生物信息分析流程，并应用于这些患者的测序数据分析。将用RNA-seq分析得到的IKZF1突变型转录本与反转录聚合酶链反应（RT-PCR）法的结果进行比较。结果:在263例B-ALL患者中，RT-PCR结合Sanger测序鉴定出53例患者存在IKZF1突变转录本，其中IK6和IK10转录本分别占67.9%（36/53）和28.3%（15/53），有2例患者IK6和IK10转录本双阳性。RNA-seq分析共鉴定出51例患者存在IKZF1突变转录本。以RT-PCR结果为参考，RNA-seq分析IKZF1突变转录本的敏感度为94.3%（50/53），特异度为99.5%（209/210）。在50例RNA-seq和RT-PCR分析IKZF1突变均阳性的患者中，有6例患者的突变型转录本占IKZF1总表达量的比值（psi值）［ M（ Q1， Q3）］为0.14（0.11，0.35），低于其他44例患者的0.88（0.35，0.97），差异有统计学意义（ Z=-3.945， P<0.001）。IKZF1突变多发生于以JAK-STAT通路异常为特征的Ph +和Ph样B-ALL，以及伴PAX5易位的B-ALL。 结论:通过优化的生物信息分析流程设计，可以用RNA-seq数据对B-ALL的IKZF1转录本进行分型和定量分析，并且发现了IKZF1突变型转录本的表达量分群现象和IKZF1突变与PAX5易位的伴随现象。