宏基因组测序在感染性疾病患者无菌部位检测病原体的价值

• 作者: 赵朝慧 朱红琼 刘曦
• 来源期刊: 中国热带医学
• 关键词: 宏基因组测序 感染 无菌部位 病原体
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 论著|Articles
• 页码范围: 658-662
• 页数: 5页
• 分类号: R372
• 语种: 中文
• DOI: 10.13604/j.cnki.46-1064/r.2021.07.09

摘要

目的 探讨宏基因组测序(Metagenomic Next-generation Sequencing,mNGS)在疑似感染患者无菌部位检测病原体的价值.方法 对2018年1月-2019年11月中山大学附属第五医院收治672例疑似感染性疾病患者同步进行细菌培养及宏基因组测序,分析宏基因组测序检出病原体的阳性率及影响因素(抗生素暴露、标本类型)、病原体分布、科室分布情况.结果 672例患者样本中培养阳性率为8.6％,宏基因组测序阳性率为35.4％,宏基因组测序阳性中细菌、病毒、真菌、立克次体、寄生虫和支原体/衣原体检出率分别为43.7％、21.9％、15.4％、16.1％、1.8％和1.1％;抗生素使用前、后阳性率分别为32.9％和37.9％,差异无统计学意义(P＞0.05);血液、脑脊液、组织、关节穿刺液、其他标本中阳性检出率分别为40.5％、24.1％、45.0％、36.8％、30.4％,差异有统计学意义(P＜0.05).送检科室感染科、血液科、神经内科、骨科、呼吸内科、ICU及其他科室阳性检出率分别为42.9％、34.2％、15.7％、36.7％、28.6％、21.1％、39.0％,差异有统计学意义(P＜0.05).672例患者中有41例mNGS与培养均阳性,其中有31例培养结果与mNGS一致,10例结果不一致;在mNGS阴性的434例样本中有17例培养阳性.结论 宏基因组测序提高感染性疾病病原体的检出率,尤其对病毒、立克次体、寄生虫、结核分枝杆菌及罕见病原体的检出有优势,但检测结果是否为致病菌需结合流行病学和临床特征综合评估.抗生素的使用不影响mNGS用于无菌部位中病原体的检测.