膀胱癌诊断与预后相关基因TPM1和CALD1的筛选及验证

• 作者: 赵阳 常富江 葛雷 张楠 单中杰
• 来源期刊: 肿瘤防治研究
• 关键词: 膀胱癌 生物信息学分析 预后 诊断 肿瘤进展 外部验证
• 年，卷（期）: 2021,（9）
• 所属期刊栏目: 基础研究|BASIC RESEARCH
• 页码范围: 827-832
• 页数: 6页
• 分类号: R737.14
• 语种: 中文
• DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2021.20.1536

摘要

目的 筛选及验证膀胱癌诊断与预后相关基因TPM1和CALD1.方法 利用TCGA和GEO数据库中的数据集分别得到414例和188例膀胱癌基因芯片表达数据,通过构建加权基因共表达网络(WGCNA)及识别肿瘤组织与正常组织间差异表达基因的方法,得到与膀胱癌高度相关的枢纽基因.使用STRING数据库构建蛋白互作网络,筛选出预后相关的枢纽基因.将郑州人民医院29例膀胱癌样本及HPA数据库中的免疫组织化学结果作为外部验证结果.结果 TCGA数据库中共筛选出915个差异表达基因,GSE13507中筛选出464个差异表达基因.通过WGCNA得到两个相关性最强的模块:蓝色模块(相关系数为0.60,P=1E-44)和青色模块(相关系数为0.52,P=7E-19),得到156个交集基因.通过蛋白质互作网络分析筛选出10个枢纽基因,其中TPM1和CALD1基因与膀胱癌生存的相关性最大,并得到了外部验证组验证.结论 TPM1和CALD1基因与膀胱癌预后紧密相关,也是促进肿瘤进展的枢纽基因.